もうひとつの大きな問題。それは福竜丸が漁獲してきたマグロそのものが、強い放射能に汚染されていたことであった。
3月17日、新聞各紙は「焼津から北海道、関西、北陸にバラまかれたマグロには、全部放射能が検出されており、いずれも販売中止をしたり、マグロを土の中に埋めて処分した」と報じた。